Ett rådhus i Malmö omtalas första gången 1353. Detta låg direkt norr om S:t Petri kyrka, mellan kyrkogården och Adelgatan, vilken var stadens äldsta torggata.
Den 28 januari 1544 lånade Malmö stad Jörgen Brendere 300 marck danske för att han skulle kunna påbörja tegelbränningar vid stadens tegelugn. Staden skulle i hyra för tegelugnen erhålla 6000 tegel och 20 läster kalk om året. Den 5 mars 1548 blev hyreskontraktet uppsagt. Avtalet torde ha tillkommit i samband med rådhusets byggande, vilket arbete således pågått våren 1544-hösten 1547.
Dagens rådhusfasad i holländsk renässansstil tillkom på 1860-talet och ersatte då en nyklassicistisk fasad från början av 1800-talet. Arkitekten Helgo Zettervall utformade en mycket fri tolkning av hur den ursprungliga fasaden kunde (eller kanske enligt Zettervall borde) ha sett ut. På fasaden finns skulpturutsmyckningar som bland annat avbildar några av Malmös historiskt viktiga män som Jörgen Kock, Mattias Flensburg med flera.